提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
【百万庄小课堂】数九寒冬如何保养骨关节******【百万庄小课堂】数九寒冬如何保养骨关节
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() 视觉焦点自称“大学生”兼职招嫖 这款热门交友软件下架 这5种疾病本身不可怕,可怕的是并发症
推荐阅读 爱乐透彩票央行发行2019版第五套人民币中为何没有100元和5元? 2024-04-21 爱乐透彩票疯牛横冲直闯伤2人 民警果断一枪击毙(图) 2024-02-02 爱乐透彩票 日本新天皇即位 全国迎来十天黄金周假期 2024-06-11 爱乐透彩票甜瓜杜兰特下赛季在尼克斯联手? 2024-04-04 爱乐透彩票2019年中国新能源汽车产销量将达150万辆 2023-10-11 爱乐透彩票深圳、上海和杭州 哪个城市适合终老? 2024-01-02 爱乐透彩票 美国男子被自己养的大鸟杀死,他的100只神奇动物将被... 2024-01-28 爱乐透彩票身在美国心在汉 这些海外新车都瞄准了中国市场 2023-11-21 爱乐透彩票主机游戏中国往事:启蒙一代人错失一代人 2024-02-05 爱乐透彩票“好想谈一场有趣的恋爱啊” 2024-03-23 爱乐透彩票《海岛大亨6》评测:总统宝座还真难坐! 2023-12-29 爱乐透彩票众信旅游净利润暴跌九成 服务质量和股价令人心焦 2024-03-03 爱乐透彩票节后肠胃不舒服?这种情况不建议大量喝粥 2023-11-22 爱乐透彩票网易智造N520除螨仪,除螨吸尘率高达99% 2024-06-21 爱乐透彩票《武装突袭3》将出第三方DLC 2024-06-07 爱乐透彩票网易公布2018年第二季度财报 2024-02-01 爱乐透彩票华泰柏瑞首季8混基涨不足10% 2024-05-13 爱乐透彩票权威访谈丨张扬对话杨利伟:从一人一天到“天宫时代” 2023-11-02 爱乐透彩票此信号意味调整将结束 2024-05-08 爱乐透彩票《武装突袭3》将出第三方DLC 2023-11-20 爱乐透彩票2年冲到纳斯达克,瑞幸“拼”过拼多多? 2024-03-21 爱乐透彩票 日本侵华时期战时刊物 2023-09-15 爱乐透彩票希望工程触动无数人的照片主人公们后来怎么样了? 2024-02-04 爱乐透彩票 曾花光黎明7个亿的乐基儿产子 四大天王的前女友们都不简单 2023-08-18 加载更多 爱乐透彩票地图 |